Podobnie jak inne wady anorektalne, kloaka również reprezentuje spektrum wad, począwszy od "łagodnej" kloaki z dobrym rokowaniem funkcjonalnym, która może być naprawiona stosunkowo prostą techniką chirurgiczną, do bardzo złożonych wad z wieloma zmianami anatomicznymi, które wymagają różnych manewrów chirurgicznych, aby móc skutecznie zrekonstruować tych pacjentów. W przeciwieństwie do innych wad odbytu, leczenie chirurgiczne jest wymagające, ponieważ nietrzymanie moczu i stolca jest często zgłaszane po operacji. Ostatecznym celem leczenia jest osiągnięcie zadowalającej kontroli nad jelitami i moczem, a także prawidłowych funkcji seksualnych w okresie dojrzałości.